Фамилия Бакаляева хранит память о прозвище дальнего предка — Бакаляй. В основе этого прозвища лежит тюркское слово «бакала», которое означало бакалейный товар: сухие фрукты, копчености и другие съестные припасы. Однако связь с торговлей — не единственная версия. В русских говорах «бакаляй» могло относиться к человеку, который занимался заготовкой соломы или изготовлением из нее шляп и других изделий. Так прозвище закреплялось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Бакаляев — потомок Бакаляя. Модель образования типична для русских фамилий, возникших от прозвищ, и не несет сословной окраски — Бакаляевы могли быть крестьянами, мещанами или купцами, в зависимости от региона.

Интересно, что фамилия встречается в двух вариантах написания: через «а» (Бакаляев) и через «о» (Боколяев), что связано с аканьем — произносительной нормой южнорусских говоров. Географически фамилия чаще всего фиксируется в документах Центральной России и Поволжья, где тюркские заимствования в быту были обычны.

В отличие от многих фамилий с прозрачной этимологией, Бакаляев не имеет однозначного толкования. Спор между «бакалейщиком» и «соломщиком» не решен окончательно, и обе версии имеют право на существование. Слабая гипотеза, связывающая прозвище с украинским «бакалія» (мелочная лавка), не находит надежных диалектных подтверждений и уступает тюркской основе.