Фамилия Баканяева — редкий случай, когда географический акцент и словообразовательная модель не совпадают с привычными ожиданиями. На первый взгляд, суффикс -ев указывает на происхождение от мужской формы Баканяев, а та, в свою очередь, — от прозвища или имени Баканя. Но здесь интереснее основа.

Самая вероятная версия связывает корень «бакан» с тюркскими языками. В тюркских наречиях «бакан» или «бакана» могло означать «столб», «опора», «подпорка» — как в прямом, так и в переносном смысле: крепкий, устойчивый человек. В казахском и башкирском языках есть слово «бағана» (столб), а в татарском — «бакана» (жердь, шест). Прозвище Баканя могли дать высокому, худощавому человеку, который «тянулся вверх», или, наоборот, тому, кто служил опорой в доме. Учитывая, что фамилия с таким окончанием редко встречается за пределами Поволжья и Приуралья, скорее всего, её носители — потомки татар, башкир или чувашей, принявших православие и получивших фамилию по отцовскому прозвищу.

Менее убедительная, но возможная версия — от греческого имени Ваканий (Βακάνιος), которое через русскую народную переделку могло дать форму Баканя. Но для этого фамилия должна была бы встречаться в южнорусских или причерноморских регионах, чего не наблюдается. Поэтому тюркский след выглядит правдоподобнее.

Суффикс -ев, а не -ин, закрепляет за фамилией мужской род: Баканяев. Если бы в основе лежало женское прозвище (например, Баканя), мы бы видели форму Баканин. Значит, исходным было мужское имя или прозвище Баканя, которое в русской среде оформили по модели «чей?» — Баканяев, то есть «сын Бакани».

Фамилия редкая, в списках массовых распространённых не значится. Встречается в единичных записях по Башкортостану, Оренбургской и Самарской областям, что косвенно подтверждает её восточное происхождение. Социальный состав, скорее всего, был крестьянским или казачьим — без указаний на дворянство в доступных источниках.