Фамилия Бакайкина образована от прозвища Бакайка. В его основу легло нарицательное «бакай» — так в южных районах России называли речной проток, проран в плавне, в камышах. Таким образом, прозвище Бакайка мог получить получил человек, живший у этого протока или уроженец этих мест. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бакайка, со временем получил фамилию Бакайкина.