Фамилия Бакайкин образована от имени Бакайка. Оно, предположительно, берет начало от древнетюркского нарицательного baga со значением «лягушка». Давая младенцу имя со значением «лягушка», родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Возможно также, что имя Бакайка является марийским вариантом имени Бакай, которое в переводе с арабского означает «вечный». Таким образом, человек, предка которого звали Бакайка, со временем получил фамилию Бакайкин. Так, например, в Книге памяти Ремпублики Коми упоминается Филипп Иванович Бакайкин, родившийся в 1891 году в деревне Потяшки Марийской АССР.