Фамилия Бакимов встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию, то есть «сын Бакима». Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Баким.

Самая прямая версия — это народная, разговорная форма канонического имени Иоаким. В русской традиции имя Иоаким (от древнееврейского «Яхве воздвигнет») нередко сокращалось и искажалось: Аким, Яким, Еким. От этих форм пошли фамилии Акимов, Якимов, Екимов. Баким — менее распространённый, но возможный вариант того же корня, возникший, скорее всего, в среде, где начальное «А» перешло в «Б» под влиянием местного говора или из-за индивидуального произношения. Если это так, то предок носителя фамилии был крещёным человеком, чьё имя в быту звучало как Баким.

Однако есть и вторая, более редкая, но не менее интересная версия. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, существует слово «баким» (или «бакым»), которое означает «присмотр», «забота», «надзор», а также «попечение». Прозвище Баким могли дать человеку заботливому, опекающему кого-то, или, наоборот, тому, кто работал смотрителем, сторожем, надзирателем. Многие русские фамилии Поволжья и Приуралья образованы от татарских корней, и Бакимов вполне могла возникнуть в среде крещёных татар или в смешанных русско-тюркских семьях.

В пользу тюркской версии говорит и то, что фамилия Бакимов встречается чаще в тех регионах, где исторически был силён тюркский компонент — в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане. Спор между этими двумя гипотезами неразрешим без генеалогического исследования конкретной семьи: если предки были из центральной России и в роду устойчиво использовалось имя Баким, скорее всего, это искажённый Иоаким. Если же корни ведут в татаро-башкирскую среду — прозвищная версия правдоподобнее.