Фамилия Баклаушев образована от прозвища Баклауш. Чаще всего так в прошлом называли человека, который происходил из одного из двух селений: либо из русского села Баклауши (Павловский район Ульяновской области), либо из татарской деревни Ак-Чишма, которая вплоть до 1939 года носила имя Татарский Буклауч. В дореволюционных документах встречается и третье название этого же населённого пункта — Пшенгер-Баклауш.

Приставка «ба-» в основе «баклауш» — характерная черта тюркских топонимов, где «ба» часто служит указательным элементом. Скорее всего, исходное слово восходит к татарскому «буклау» или «бөкләү» — «сгибать», «закрывать», «запирать». В переносном смысле прозвище Баклауш могло закрепиться за человеком замкнутым, необщительным или живущим в укромном месте. Однако географическая версия выглядит надёжнее: прозвище давали по названию родной деревни, а не по характеру.

История деревни Ак-Чишма (Татарский Буклауч) прослеживается с XVII века. В XVIII и первой половине XIX века её жители числились государственными крестьянами — пахали землю и держали скот. По сведениям 1859 года, в деревне уже стояла мечеть, а к 1908 году открылась мелочная лавка. Земельный надел сельской общины в начале XX века составлял 387,9 десятины — хозяйство было крепким, но небогатым.

Суффикс «-ев» в фамилии Баклаушев указывает на типичную русскую модель притяжательных фамилий: «чей?» — Баклаушев, то есть сын или потомок Баклауша. Форма на «-ев», а не на «-ов», объясняется мягкостью конечного согласного в прозвище («ш» в данном случае смягчается в произношении). Таким образом, фамилия закрепилась за крестьянским родом из Поволжья, где столетиями жили бок о бок русские и татары.