Фамилия Баклавцов — редкий пример, когда прозвище, а затем и фамилия образовались не от человека, а от названия маленькой рыбки. В основе лежит слово «бакла» — так в говорах Башкирии и Приуралья называют мелкую рыбёшку, которая водится в реках Белой, Уфе и их притоках. Прозвище Баклавец, скорее всего, получил не просто рыбак, а человек, который промышлял именно этой рыбой — возможно, ловил её в большом количестве или торговал ею. Суффикс -ец в прозвище (Баклавец) указывает на носителя признака, а фамильный суффикс -ов стандартно оформил отчество: «чей?» — Баклавцов, то есть сын или потомок Баклавца.

Географическая привязка фамилии узкая: она почти не встречается за пределами Урала и Поволжья. Это не случайно — слово «бакла» локальное, его не знали в центральных или северных губерниях. Поэтому носители фамилии Баклавцов, скорее всего, ведут род из тех мест, где ловили эту рыбу: из бассейна реки Белой или с притоков Камы.

В написании фамилии есть особенность: ударение падает на последний слог (Баклавцо́в), а не на первый, как могло бы быть от слова «бакла». Это типично для фамилий-отчеств, образованных от прозвищ с суффиксом -ец: при добавлении -ов ударение смещается на окончание.

Другие версии происхождения маловероятны. Например, связь с украинским или белорусским «баклага» (сосуд для воды) сомнительна, потому что в этих языках фамилия звучала бы иначе — Баклагов или Баклаженко. А вариант с тюркским корнем (ср. бакла — «боб» или «стручок») не подтверждается географией: фамилия не встречается в регионах с сильным тюркским субстратом. Самая правдоподобная версия — именно рыбная, она объясняет и форму прозвища, и ареал бытования фамилии.