Фамилия Баклицкая — одна из тех, что хранят память о занятии или месте, где жил предок. Её основа — прозвище Бакла. В русских говорах Приуралья и Башкирии баклой называли мелкую рыбку, которая водится в реках Белой, Уфе и их притоках. Первым носителем прозвища мог быть рыбак, промышлявший именно эту рыбу, или человек, чем-то напоминавший её — например, небольшого роста или юркий.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ицк(ий)/-ицк(ая). Этот суффикс в русской ономастике чаще всего указывает на географическое происхождение: «из семьи того, кто живёт в таком-то месте» или «выходец из такого-то села». Однако в случае с Баклицкой возможен и другой путь: прозвище Бакла могло сначала превратиться в фамилию Баклин, а затем, при переходе в дворянскую или польско-шляхетскую традицию, приобрести окончание -ский/-цкий. В польском языке суффикс -icki/-ycki (русский аналог -ицкий) очень характерен для шляхетских фамилий, образованных от названий поместий. Поэтому не исключено, что предок Баклицких владел хутором или деревней с названием Баклы или Баклицы.

Женская форма Баклицкая говорит о том, что в основе лежит мужской вариант Баклицкий. Такие фамилии в русской традиции обычно получали дочери или жёны. Если опираться на географическую версию, то носитель фамилии мог происходить из мест, где топоним Баклы встречается до сих пор — например, село Баклы в Башкортостане стоит на реке Белой, как раз там, где водится рыба бакла. Таким образом, две версии — рыболовецкое прозвище и название поселения — сходятся в одном регионе, что делает приуральское происхождение фамилии наиболее вероятным.

Фамилия редкая, в массовых справочниках XIX — начала XX века почти не фиксируется. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или жить достаточно замкнуто. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, Баклицкая сохранила свою форму почти без изменений, что характерно для фамилий, которые оформились позже — в XVIII–XIX веках, когда прозвища уже не переделывали под стандартные модели, а записывали так, как сложилось в речи.