Фамилия Баксанова — женская форма фамилии Баксанов, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. В центре внимания оказывается прозвище Баксан, которое могло возникнуть двумя разными путями, и оба ведут в тюркскую языковую среду.

Первая и самая очевидная версия — топонимическая. На Северном Кавказе протекает река Баксан, правый приток Малки в бассейне Терека. Название реки выводят из карачаево-балкарского «бахсан» — «затопляющая». Если предок получил прозвище по месту жительства, он мог быть выходцем с берегов этой бурной реки. Такие прозвища давали переселенцам, которые перебирались в другие края, и за ними закреплялось имя покинутой местности.

Вторая версия сложнее и интереснее. Прозвище Баксан могло образоваться от тюркского слова «баксы» (или «бахшы», «бахши»). В разных тюркских языках это слово имеет близкие, но не тождественные значения. У узбеков «бахши» — это и сказитель эпоса, и лекарь-шаман, поскольку в прошлом эти роли часто совмещались. У туркмен «бахшы» — только народный певец. У казахов «баксы» — лекарь-шаман. У башкир «баксы» сохранило более архаичный смысл: прорицатель, знахарь, ворожея, то есть древний мастер устного слова с широкими способностями.

Если прозвище пошло от этого корня, то Баксаном могли назвать человека, который занимался врачеванием, пением или гаданием. Суффикс -ан в прозвище мог придать слову дополнительный оттенок — например, указать на носителя качества в большей степени («тот, кто похож на баксы» или «большой баксы»).

Обе версии имеют право на существование, и без конкретных генеалогических данных выбрать между ними сложно. Ясно одно: фамилия Баксановых сформировалась в среде, где тюркские языки и кавказская география были повседневной реальностью. Сама фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Баксана» или «из дома Баксана».