Фамилия Баксанов, вероятно, образована от прозвища Баксан. По одной из версий, оно ведет свое начало от названия реки Баксан, протекающей на Северном Кавказе (правый приток Малки, бассейн Терека). Ее название образовано от карачаево-балкарского слова «бахсан» — «затопляющая». Возможно, основатель рода Баксановых был выходцем с берегов этой реки. Однако не исключено, что прозвище Баксан образовано от тюркского слова «баксы» («бахшы», «бахши»). В тюркских языках оно толкуется по-разному: у узбеков слово «бахши» означает и сказителя эпоса, и лекаря-шамана, так как в прошлом эти профессии иногда совмещались; у туркменов «бахшы» — только народный певец; у казахов «баксы» — лекарь-шаман. У башкир слово «баксы» в настоящее время употребляется лишь в первоначальном значении, подразумевающем древнего изустного мастера слова с разносторонними способностями («баксы», «багымсы» — прорицатель, знахарь, ворожея, гадалка). В этом случае прозвище Баксан указывало на род занятий предка Баксановых. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Баксановых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.