Фамилия Бакуткин — один из тех случаев, когда за привычным суффиксом -ин скрывается необычная основа. Если бы фамилия была Бакутов или Бакутин, её корень был бы очевиден: от имени или прозвища Бакут. Но здесь — Бакутк-ин, с дополнительным -к-, который меняет всю картину.

Суффикс -к- в русских фамилиях часто указывает на уменьшительную или уничижительную форму личного имени. В основе фамилии Бакуткин лежит, скорее всего, прозвище Бакутка — производное от имени Бакут. Само имя Бакут — краткая форма от канонического имени Вакх (в честь древнегреческого бога виноделия, в православии — святого мученика Вакха). Или, что менее вероятно, от тюркского «бакут» — «счастье, удача». Первый вариант надёжнее, так как имя Вакх было в святцах, а его уменьшительные формы (Вакул, Бакул, Бакут) встречаются в русских документах XVI–XVII веков.

В таком случае фамилия Бакуткин означает «сын Бакутки» — человека, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно Бакутка. Такая модель образования — от прозвища с суффиксом -ка, а затем с фамильным -ин — характерна для северных и центральных регионов России. Можно предположить, что предки носителя фамилии жили в тех краях, где было принято называть людей по отчеству через уменьшительную форму: Ивашка, Петрушка, Бакутка.

С точки зрения социального контекста, фамилия Бакуткин не относится к дворянским или книжным: она возникла в крестьянской или посадской среде, где прозвища были обиходными. Сейчас она встречается нечасто, что делает её особенно ценной для тех, кто ищет свои корни: чем реже фамилия, тем точнее можно проследить её географию и историю.