Фамилия Балабалин — редкий случай, когда корень слова не даёт однозначного толкования, зато суффикс рассказывает о географии и социальном слое предков. Основа «балабал» и её варианты «балабан», «балабай» в русских говорах имели несколько значений. В северных и центральных областях «балабаном» называли большого ястреба-тетеревятника, а в некоторых диалектах — болтуна или пустомелю (сравните с «балаболить»). Однако есть и третья версия: в тюркских языках «балабан» — это музыкальный инструмент, похожий на гобой, или название птицы (филин, сокол). Какая из них верна для конкретной семьи — зависит от региона.

Суффикс «-ин» указывает на притяжательную модель: Балабалин — «чей?» — сын или потомок Балабала. В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще встречались у крестьян центральной России, «-ин» традиционно преобладал на севере, в Поволжье и в некоторых районах Сибири. Это не жёсткое правило, но географический след: если предки носили фамилию Балабалин, велика вероятность, что они жили в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях или на Урале.

Словообразовательная модель проста: прозвище Балабал (или Балабан) + фамильный суффикс «-ин». Прозвища по птицам были распространены на Руси — Соколов, Орлов, Ястребов. Балабалин могло означать «потомок человека, похожего на ястреба» (быстрого, зоркого или хищного нравом). Но если прозвище произошло от глагола «балаболить», предок был говорливым, возможно, балагуром или сплетником. Оба варианта правдоподобны, и без письменных источников XVII–XVIII веков выбрать один сложно.

В отличие от фамилии Балабанов, которая встречается чаще и однозначно связана с музыкальным инструментом (балабаны — барабаны), Балабалин сохраняет в суффиксе оттенок прозвищности. Встречаются также однокоренные Балабаев, Балабин, Балабушкин — все они образованы от разных диалектных форм одного корня. Фамилия Балабалин не относится к числу дворянских или купеческих — она типично крестьянская, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах и распространённостью в переписных листах сельских общин.