Фамилия Балабенко — яркий пример украинской модели фамилий с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был характерен для Поднепровья и Слобожанщины. Этот суффикс изначально имел значение «маленький», «сын такого-то», поэтому Балабенко — это буквально «сын Балабы» или «потомок Балабы». Формант -енко стал настолько массовым в украинской антропонимии, что к XIX веку охватил до 60% всех фамилий Левобережной Украины.

Основа фамилии — прозвище Балаба. Его происхождение спорно, но есть две основные версии. Первая связывает его с тюркским словом «балаба» (или «балабан») — так называли большого сокола или ястреба, использовавшегося в охоте. У восточных славян слово закрепилось в значении «большой, неуклюжий человек» или «болтун, пустомеля» (от глагола «балабонить»). Вторая версия, менее вероятная, выводит прозвище от греческого «балабос» — «говорящий невнятно, заика». Однако для украинского контекста убедительнее тюркская гипотеза: в казацкой среде было много прозвищ, связанных с птицами и животными, а суффикс -енко как раз и указывает на принадлежность к роду такого человека.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века. В реестре Запорожского войска 1649 года упоминается казак Балаба из Корсунского полка. Судя по географии, основная масса Балабенко сосредоточена в центральных и восточных областях Украины — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине. Это неудивительно: именно там активно шёл процесс закрепления прозвищ в фамилии с помощью -енко.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность барину или священнику, фамилии на -енко в массе своей были «народными» и редко встречались у дворянства. Балабенко — фамилия казацкого или крестьянского корня, и её носители, скорее всего, были свободными людьми, а не крепостными. В XIX веке часть Балабенко переселилась на Кубань и Дон, где фамилия тоже прижилась, но уже в русском произношении без изменений.