Фамилия Балаклец — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перешло в фамилию напрямую, без промежуточного прозвища. Основа здесь — топоним Балаклея (или Балаклей). Это название носят несколько населённых пунктов на востоке Украины и юге России: самый известный — город Балаклея в Харьковской области, а также сёла в Черкасской и, исторически, в бывшей Воронежской губернии.

Суффикс -ец в русских и украинских фамилиях выполняет ту же роль, что и в названиях жителей: киевлянин — киевец, вологжанин — вологодец. Балаклец — это «человек из Балаклеи». Такая модель образования типична для фамилий, которые закрепились за переселенцами: когда человек переезжал в другую местность, за ним оставалось прозвище по прежнему месту жительства. Со временем это прозвище и стало фамилией его потомков.

Происхождение самого названия Балаклея спорно. Самая распространённая версия — от тюркского «балык» (рыба) и «лей» (река, овраг), то есть «рыбная река». Это логично для поселений на реках Северский Донец и Днепр. Менее убедительна славянская версия, связывающая название с диалектным глаголом «балакать» (говорить, болтать) — скорее всего, это народная этимология, хотя и не исключённая для какого-то конкретного хутора.

Фамилия Балаклец — украинская по происхождению, хотя носители встречаются и в России. Она указывает на предка, который был выходцем из одного из сёл с таким названием. В отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, фамилии на -ец (как Балаклец, Полтавец, Харьковец) были характерны для крестьян и казаков — тех, кто менял место жительства и получал прозвище от односельчан на новом месте. Дворянской фамилией Балаклец никогда не была, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах Российской империи.