Фамилия Балаценко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая означает «сын», «потомок» или «маленький». Формант -енко, по данным словаря Б. Унбегауна, самый распространённый фамильный суффикс в Украине, вытеснивший патронимические суффиксы -ович/-евич. Поэтому Балаценко — это «сын Балаца» или «маленький Балац».

Основа фамилии — прозвище Балац. Его происхождение спорно, но есть две основные версии. Первая: от украинского диалектного «балац» — «балагур», «болтун», «пустомеля». В таком случае прозвище дали говорливому, любящему поболтать человеку. Вторая версия связывает Балаца с тюркским словом «бала» (ребёнок, детёныш) или «балак» (нога, штанина) — через контакты с татарами или турками. Прямых доказательств у второй гипотезы меньше, и в украинской ономастике чаще ссылаются на славянскую основу.

География фамилии Балаценко — преимущественно центральная и восточная Украина: Черкасская, Полтавская, Киевская, Днепропетровская области. В России она редка и встречается в основном в южных регионах, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках.

Сословная принадлежность предков Балаценко — почти наверняка казаки или крестьяне. Фамилии на -енко в массе своей возникли в среде реестрового казачества и свободных крестьян, а не у дворян или мещан. Дворянский вариант фамилии звучал бы иначе — с суффиксом -ович или -ский (Балацевич, Балацкий).

В написании фамилии возможен вариант «Балацанко» — с буквой «а» после «ц», что фиксируется в некоторых метрических книгах XIX века. Но «Балаценко» — нормативная форма, закреплённая в советских паспортах.