Фамилия Балбегин образована от прозвища Балбега. Оно ведет свое начало от диалектного слова «балбегшка» — «непонятливый, несообразительный». Само слово, скорее всего, восходит к казахскому «bilbes», что переводится как «он не знает». Прозвище могло отражать особенности характера и поведения основателя фамилии, но есть и другая версия: надеясь иметь умного и толкового мальчика, родители в шутку или «от обратного» назвали его Балбегой.

Менее вероятная гипотеза связывает фамилию с тюркским мужским именем Балбек. Оно состоит из двух частей: первая восходит к имени Бал, которое в переводе на русский язык означает «мед». В этом случае фамилия указывала бы на происхождение от человека, носившего такое имя, а не от прозвища.

Словообразовательная модель проста: к основе Балбег- добавлен типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Балбегин). Такие фамилии обычно означали «сын Балбеги» или «потомок Балбеги». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я, что подтверждает прозвищное происхождение от Балбеги.

Ареал фамилии неширокий, встречается она преимущественно в регионах, где исторически были сильны русско-тюркские контакты — например, в Поволжье, на Урале или в Сибири. Спор между двумя версиями (прозвищной и именной) решается в пользу первой: диалектная лексика и прямое значение «незнайка» выглядят убедительнее, чем сложное имя с сомнительной второй частью.