Фамилия Бальданова — редкий случай, когда женская форма фамилии может быть исходной для разбора. По правилам русской ономастики, фамилия образована от мужской основы Бальдан через притяжательный суффикс -ов, а затем к ней добавлен типичный женский суффикс -а, указывающий на принадлежность женщине (дочери или жене Бальдана). Но в современном бытовании Бальданова — это уже самостоятельная фамилия, которую носят и мужчины, и женщины, хотя исторически мужской вариант — Бальданов.

Корень фамилии — Бальдан — почти наверняка восходит к личному имени или прозвищу. Самая вероятная версия: это вариант тюркского имени Балдан, которое в переводе с монгольских и бурятских языков означает «сильный», «могучий», «крепкий». В бурятской ономастике имя Балдан известно и популярно, особенно в буддийском контексте (от санскритского «бала» — сила). Фамилия Бальданова широко распространена именно в Бурятии и среди бурятского населения Забайкалья, что подтверждает эту этимологию.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с тюркским словом «бал» — мёд. В таком случае Бальдан могло быть прозвищем сладкоежки или пасечника, но это допущение слабее: в тюркских языках суффикс -дан обычно не образует прозвищ от сладких понятий, а имя Балдан как личное имя зафиксировано куда надёжнее.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась по русской модели в среде, где уже действовали имперские стандарты документирования. Для бурятских фамилий это характерно: многие родовые имена и прозвища получили русское окончание -ов/-ев в XIX веке при записи в метрические книги. Так что предки носителей фамилии Бальданова — скорее всего, буряты-скотоводы или охотники, жившие в Забайкалье, чьё родовое имя или личное прозвище Балдан закрепилось в документах.

Географически фамилия почти не встречается за пределами Бурятии и соседних регионов (Иркутская область, Забайкальский край). Это редкая фамилия, и её носители — в основном потомки одного или нескольких родов, ведущих начало от человека по имени Балдан.