Фамилия Балкарей — одна из тех, что звучит как указание на происхождение, и в данном случае это, скорее всего, правда. Её основа — этноним «балкарец», то есть житель Балкарии, исторической области на Северном Кавказе. В русской среде так могли прозвать человека, переехавшего из Кабардино-Балкарии, или того, кто имел с этими землями торговые или служилые связи. В пользу версии говорит и то, что фамилия образована по модели, типичной для русских фамилий от этнонимов: украинец — Украинец, татарин — Татаринов, балкарец — Балкарей. Суффикс -ей здесь — вариант окончания -ев, обычный для фамилий, которые пошли от прозвищ или названий на -ец.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «балкар» в значении «большой, могучий» или с диалектным глаголом «балкарить» — говорить невнятно, но для этого нет убедительных исторических или географических подтверждений. Фамилия редкая, в дореволюционных списках почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам или месту выхода. Встретить Балкарей можно в южных регионах России, особенно в Ставропольском крае и Кабардино-Балкарии, где контакты между русскими и горцами были постоянными. Сословно носители фамилии, вероятно, относились к государственным или вольным крестьянам, реже — к казакам.