Фамилия Балханова — довольно редкая, и её происхождение неочевидно. В основе лежит прозвище или имя Балхан (или Балахан), но единого мнения о его значении нет. Самый вероятный источник — нарицательное «балахна», которое в старых говорах означало «ворота, одежда или рот настежь». Прозвище Балахна, от которого пошла фамилия, давали неряшливому или невнимательному человеку, который ходил небрежно одетым или постоянно держал рот открытым.

Однако есть и географическая привязка. Балахна — это старинный город в Нижегородской области. Если предок носителя фамилии был оттуда родом или жил там, прозвище Балахна могло указывать на место его происхождения. Такая модель образования фамилий по названию города или местности — одна из распространённых на Руси.

Менее правдоподобна, но всё же встречается версия о тюркском корне. Слово «балахон» (или «балахон») в тюркских языках означало род верхней одежды, халат. В этом случае прозвище Балахан мог получить портной, торговец одеждой или просто человек, носивший такой халат. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ов в фамилии типичен для русских отчеств, а прямое заимствование тюркского слова без адаптации через прозвище встречается реже.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Балхан (или Балахан) добавили суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?» — сын Балахана). Со временем в разговорной речи произошло упрощение: Балаханов превратилось в Балханов. В итоге потомок человека с прозвищем Балахан или выходец из Балахны получил фамилию Балханова.