Фамилия Балкшин — редкая и по звучанию не сразу дающая понять, где искать корень. Обычно её разбирают по модели «основа + суффикс -ин», что указывает на принадлежность: чей сын? Балкшин — сын Балкши. Основа «Балкш-» не встречается в современных русских именах, но может быть вариантом прозвища или искажённого тюркского имени.

Самая вероятная версия: фамилия восходит к тюркскому корню «балык» — рыба. В диалектах и при переносе в русскую речь слово могло измениться: балык → балыкчи (рыбак) → Балкша (прозвище по занятию) → Балкшин. Если это так, предок носителя фамилии мог быть рыбаком или торговать рыбой. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я: Балкша — человек, которого так прозвали за связь с рыбным промыслом.

Возможна и менее очевидная версия — от имени Балкаш (озеро в Казахстане). Прозвище по географическому объекту мог получить человек, живший у этого озера или пришедший оттуда. Но в этом случае скорее ожидалась бы фамилия Балкашин (с сохранением гласной «а»). Форма Балкшин предполагает, что в основе лежало слово с конечным -кш- (Балкша), а не -каш-.

Третья гипотеза — связь с диалектным глаголом «балкать» (говорить, болтать) или «балкаться» (качаться, шататься). В русских говорах «балка» — овраг, но прозвище Балкша в значении «болтун» или «непоседа» тоже могло закрепиться. Однако тюркская версия выглядит убедительнее: фамилия встречается в регионах, где исторически сильны тюркские влияния (Поволжье, Урал, юг Сибири).

Известных носителей фамилии в публичном поле почти нет, что подтверждает её редкость. По сословной принадлежности Балкшины могли быть как крестьянами, так и мещанами — точных данных нет, но суффикс -ин чаще встречается в центральных и северных русских землях, а основа-прозвище — в зоне контакта с тюрками.