Фамилия Балакшина — женская форма распространённой русской фамилии Балакшин. В основе лежит прозвище Балакша, и у него есть как минимум два объяснения, причём оба имеют право на жизнь.

Первая версия отсылает к тюркскому слову «балакшей» — «рыбак». Это заимствование вполне вероятно, учитывая, что носители фамилии с XVI века фиксируются на русском Севере и в Поволжье — регионах, где рыбный промысел был основой хозяйства, а контакты с тюркским населением — обычным делом. Вторая версия — славянская, от глагола «балакать» (говорить, болтать). В этом случае Балакшей называли разговорчивого, словоохотливого человека. Оба корня могли существовать параллельно: в разных семьях прозвище возникало по разным причинам.

Исторические записи подтверждают древность фамилии. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянут Балакша Василий, новгородец 1475 года. А уже в середине XVI века фамилия встречается в деловой переписке: Аким Балакшин, крестьянин из Олонца (1564 год), и Дмитрий с Богданом Балакшины из Ярославля (1568 год). Интересно, что в XVI веке один из Балакшиных, Дмитрий, служил городовым приказчиком — должность ответственная, связанная с управлением и сбором податей. Это показывает, что предки Балакшиных не были однородным сословием: среди них встречались и крестьяне, и люди на государевой службе.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Балакш- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Балакши). Со временем форма закрепилась как наследственная. Женский вариант Балакшина, соответственно, означает «дочь или жена Балакшина».

Таким образом, фамилия Балакшина — это не просто родовое имя, а возможная отсылка к занятию предка (рыбная ловля) либо к его характеру (общительность). География ранних упоминаний (Новгород, Олонец, Ярославль) намекает на северное и центральное происхождение большинства ветвей рода.