Фамилия Балакшин (и её вариант Балакшины) образована от прозвища Балакша. У этого прозвища есть как минимум два объяснения, и оба заслуживают внимания.

Первая версия связывает Балакшу с тюркским словом «балакшей» — «рыбак». Это не единичный случай: многие русские фамилии, особенно в южных и восточных регионах, впитали лексику соседних народов. Если предок Балакшиных действительно занимался рыбной ловлей, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий.

Вторая версия — чисто славянская, от глагола «балакать» (говорить, болтать, беседовать). В этом случае Балакшей называли человека разговорчивого, общительного, возможно, балагура. Глагол этот и сейчас жив в диалектах, особенно в южнорусских говорах, где «балакать» — обычное слово для обозначения непринуждённой беседы. Модель образования прозвища проста: корень «балак-» плюс типичный для русских прозвищ суффикс -ш- (как в прозвищах Молчун — Молчушка, Говорун — Говорушка). Прозвище на -ша — Балакша — затем легко превратилось в фамилию с суффиксом принадлежности -ин: «чей?» — Балакшин.

Исторические записи подтверждают древность фамилии. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Балакшу Василия (1475 год, Новгород), а также крестьянина Акима Балакшина (1564 год, Олонец). Отдельно выделяются Дмитрий и Богдан Григорьевичи Балакшины (1568 год, Ярославль) и Дмитрий, городовой приказчик (1569 год). Эти записи показывают, что фамилия уже в XVI веке бытовала в разных слоях общества — от крестьян до приказчиков, и была распространена на севере (Олонец) и в центральной России (Ярославль, Новгород). Именно ярославская ветвь Балакшиных, судя по ранним упоминаниям, одна из наиболее старых.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность к конкретному человеку: «сын Балакши» или «из семьи Балакши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Фамилия Балакшин — не исключение, и её словообразовательная схема прозрачна: прозвище Балакша → притяжательное прилагательное Балакшин → фамилия.