Фамилия Балакшов — нечастый случай, когда географическая привязка просматривается чётче, чем значение исходного слова. Основная масса носителей этой фамилии традиционно связана с югом России и украинскими землями, что сразу подсказывает направление поиска: здесь мы имеем дело не с великорусским, а с южнорусским или украинским ономастическим материалом.

В основе фамилии лежит прозвище Балакша, которое образовано от глагола «балакать» — говорить, болтать, разговаривать. В украинском и южнорусских говорах «балака» — говорун, болтун, любитель поговорить. Суффикс -ш- в прозвище (Балакша) характерен для экспрессивных, уменьшительно-пренебрежительных форм: он придаёт слову оттенок «тот, кто любит балакать, пустомеля». Затем к прозвищу добавился стандартный патронимический суффикс -ов, превративший прозвище в фамилию: «сын Балакши» — Балакшов.

Вторая, менее распространённая версия, выводит фамилию из тюркских языков. В ряде тюркских наречий «балак» означает «нога, голень, штанина». В таком случае Балакша могло быть прозвищем человека с длинными ногами или того, кто носил необычные штаны. Однако эта версия слабее: фамилия практически не встречается в регионах традиционного тюркского влияния (Поволжье, Сибирь), зато густо представлена в Черноземье и на Слобожанщине, где «балакать» — обычное слово.

Интересно, что фамилия Балакшов имеет «двойника» — Балакшин. Разница в суффиксе: -ш-ин указывает на основу, оканчивающуюся на -ша (Балакша), а -ш-ов — на основу на -шо (Балакшо). На практике оба варианта восходят к одному и тому же прозвищу, а выбор суффикса часто зависел от местной произносительной нормы: на юге формы на -ов встречаются чаще.

Сословно фамилия неэлитарная: в дореволюционных списках Балакшовы — это крестьяне и мещане, преимущественно из Курской, Воронежской и Харьковской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.