Фамилия Балакшеев — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или характеру, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит тюркское слово «балак» (или «балык»), что в переводе с татарского, башкирского и других тюркских языков означает «рыба». Суффикс «-еев» указывает на русскую модель образования фамилий от отчества или прозвища: Балакшей — сын Балакши. Форма «Балакшей» — это адаптированный на русской почве вариант тюркского имени или прозвища Балакша (Балыкша), где «-ша» — уменьшительно-ласкательный аффикс. Таким образом, Балакшеев буквально — «потомок Балакши».

Однако не стоит думать, что предок обязательно был рыбаком или торговал рыбой. В тюркской антропонимии прозвища, связанные с животными и рыбами, часто давали не по роду занятий, а по свойствам характера или внешности. «Балык» могло означать «молчаливый», «холодный» или «скользкий» (в переносном смысле — хитрый, увёртливый). В русских говорах, особенно на юге и востоке, слово «балакша» также фиксировалось со значением «болтун», «пустомеля» или «крикун» — от глагола «балакать» (говорить, болтать). Эта версия не менее правдоподобна: прозвище Балакша мог получить словоохотливый человек, а его дети стали Балакшеевыми.

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически было сильное тюркское влияние: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается она и у русских, и у крещёных татар, и у башкир. В XIX веке Балакшеевы фиксируются среди государственных крестьян и мещан Казанской, Симбирской и Оренбургской губерний. Интересно, что фамилия имеет редкую морфологическую черту: суффикс «-еев» вместо более распространённого «-ев» (сравните с Балакшев). Это указывает на то, что исходная форма прозвища — Балакшей (через «й»), что характерно для северо-восточных русских говоров и некоторых тюркских заимствований. То есть написание «Балакшеев» — не ошибка, а диалектная или фонетическая особенность, сохранившаяся в документах.

Встречается также вариант Балакшиев, но он ещё реже. Спор между версиями «рыбной» и «болтливой» решается просто: обе могли существовать параллельно в разных семьях. Но для этимолога предпочтительнее выглядит тюркский корень «балык» (рыба), поскольку суффикс «-ша» в тюркских языках — стандартный способ образования уменьшительных имён, а глагол «балакать» — более позднее русское образование, которое могло лишь совпасть по звучанию. Истинное происхождение каждой конкретной линии Балакшеевых можно установить только по архивным записям конкретной губернии.