Фамилия Балакшей — одна из тех, где прямое значение угадывается, но точная версия требует разбора по частям. В ней отчетливо слышна основа «балак-», которая в русских говорах и соседних тюркских языках означает «болтовня, пустые разговоры» или «говорун». Глагол «балакать» (говорить, болтать) широко известен в южнорусских и украинских диалектах, а также в белорусском языке. Человека, который любит поговорить или говорит не по делу, могли прозвать Балака, Балакша или Балакшей.

Суффикс «-ей» в этой фамилии нетипичен для стандартной русской модели. В большинстве случаев фамилии на «-ей» (Андреев, Алексеев) образованы от канонических имен. Здесь же «-ей» — это, скорее всего, не суффикс принадлежности, а застывшая форма прозвища в именительном падеже. Иными словами, предка могли звать просто Балакшей (как Молчаном или Говоруном), и эта форма без изменений перешла в фамилию. Такое встречается реже, чем фамилии на «-ов», но вполне закономерно для прозвищ, описывающих характер.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркским корнем «балык» (рыба). В таком случае Балакшей могло быть прозвищем рыбака или человека, имеющего отношение к рыбной ловле. Однако фонетический переход «балык» → «балак» нехарактерен для русского языка, а для тюркских языков более логичным было бы окончание «-чи» (Балыкчи — рыбак). Поэтому версия с «говором» выглядит предпочтительнее.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, а также у потомков украинских и белорусских переселенцев. Сословного барьера у неё не было: прозвище Балакшей могли дать и крестьянину, и мещанину, и казаку — всё зависело от того, насколько человек был заметен своей речью. В документах XVIII–XIX веков подобные прозвища фиксировались как «уличные», а при переходе в фамилию закреплялись за потомками.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Балакша, Балакин, Балакаев — все они восходят к той же основе «балак-». Но именно форма Балакшей выделяется окончанием, которое указывает на прямое прозвище, а не на отчество. Это делает её более архаичной и личной: предок был не «сыном Балакши», а самим Балакшей.