Фамилия Балкашин принадлежит к числу относительно редких, но прозрачных по происхождению. Её основа — слово «балкаш». В русских говорах так называли болотистую, топкую местность, зыбкое место на болоте. В. И. Даль фиксирует «балкаш» именно в этом значении — топь, трясина. Таким образом, прозвище Балкаш мог получить человек, живший у такого болота, либо пришлый с болотистой местности. Не исключено, что прозвище закрепилось за кем-то медлительным, вязким по характеру — по ассоциации с топью.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Балкашин буквально означает «сын Балкаша» или «человек из рода Балкаша». Это типичная русская патронимическая фамилия, образованная от прозвища, а не от крестильного имени. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от имён на твёрдый согласный, -ин присоединялся к основам на -а, -я. Балкаш даёт именно эту форму.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в архангельских, вятских, пермских переписях. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминания Балкашиных нет, что говорит о локальном, нестоличном бытовании. Скорее всего, фамилия сформировалась в среде крестьян или посадских людей, а не дворянства, — во всяком случае, в старых родословных книгах она не значится.

Стоит отличать Балкашина от фамилии Балкашов. Вторая образована от той же основы, но с другим суффиксом: -ов, а не -ин. Разница могла возникнуть из-за диалектного произношения или просто из-за случайного расхождения в документах. Оба варианта редки, и оба восходят к одному корню — «балкаш»-топь.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «балкаш» — «глинистый», «вязкий». В казахском и киргизском языках так называют озеро Балхаш, вода в нём солоноватая, а берега местами илистые. Но в русской среде прозвище от географического названия маловероятно: озеро стало широко известно только в XIX веке, а фамилия фиксируется раньше. Поэтому болотная версия надёжнее.