Фамилия Балошко — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор начинается не с корня, а с суффикса. Уменьшительный суффикс -ко в восточнославянских фамилиях (особенно украинских и белорусских) указывает на происхождение от отца или прозвища: Балошко буквально значило «сын Балоша» или «маленький Балош». Со временем суффикс утратил прямое значение и закрепился как фамильный. Сама основа Балош — венгерского происхождения, и таких фамилий в России немного, что делает Балошко ещё более примечательной.

Венгерское имя Балош — это форма латинского Blasius (Блазий, Блез), которое переводится как «пришепётывающий». Также возможна связь с именем Бальтазар (германского или семитского происхождения, «защищающий короля»). По другой, более бытовой версии, прозвище Балош могло произойти от венгерского bal — «левый», то есть его мог получить левша. Трансформация фамилии Балош в Балошко произошла, скорее всего, при переселении носителей венгерской фамилии на территорию Белоруссии или Украины, где суффикс -ко был естественным способом адаптации.

Есть и менее очевидная, но любопытная гипотеза, связывающая фамилию с этнонимом «белуджи» (балочи) — ираноязычным народом из провинции Белуджистан (Балошистан) на территории Пакистана. Маловероятно, что основатель рода был белуджем, но имя Балош в значении «представитель белуджей» могло использоваться как личное, по распространённой у мусульман традиции давать детям имена по названиям народов.

Наконец, фамилия Балошко может быть фонетическим вариантом фамилии Болошко, которая восходит к прозвищу Болох. Болохами называли жителей Болоховской Земли — древнерусской области XII–XIII веков в верховьях Южного Буга и бассейне рек Горынь, Случь, Тетерев (ныне Хмельницкая область Украины). После отделения от Киевского княжества эта земля признала власть монголо-татар, а затем вошла в состав Галицко-Волынского княжества. Если эта версия верна, предок Балошко был выходцем именно оттуда.