Фамилия Балтекеев — одна из тех, что хранит в себе память о тюркском мире и его пересечении с русской ономастической традицией. Её основа восходит к личному имени Балтекей, которое в свою очередь является производным от более древнего имени Балта (или Балты). В тюркских языках слово «балта» означает «топор». Имя Балта в прошлом давали мальчикам как оберег: считалось, что «топор» отсекает беды и болезни, делает человека твёрдым и несгибаемым. Это имя встречается у многих тюркских народов — от татар до казахов и киргизов.

Суффикс -еев (фонетический вариант -ев) в фамилии указывает на её русское оформление по патронимической модели: «сын Балтекея». Форма Балтекей — это уменьшительно-ласкательный вариант имени Балта, характерный для разговорной речи. То есть фамилия буквально означает «потомок того, кого звали Балтекей (маленький Балта)». Такая модель образования типична для фамилий, возникших в XIX веке у народов, вошедших в состав Российской империи, когда к тюркскому имени добавляли русский суффикс принадлежности.

Географически фамилия Балтекеев прочно связана с Северным Кавказом и Поволжьем. Она встречается у балкарцев, кумыков, ногайцев, а также у татар и башкир. Встречается и у казахов, но там чаще сохраняется форма Балтекей без русского суффикса или с другим окончанием. Интересно, что в некоторых диалектах имя Балта могло быть не просто прозвищем, а профессиональным именем: так называли человека, который рубил лес или работал плотником. Тогда предок носителя фамилии мог быть не «оберегаемым топором», а тем, кто этим топором владел.

По сословному составу фамилия не была аристократической. Чаще всего её носили крестьяне и скотоводы, реже — сельские ремесленники. В метрических книгах XIX века Балтекеевы фиксировались как «горские татары» (так тогда называли многие народы Кавказа) или «инородцы». В советское время фамилия получила распространение в среде интеллигенции, но так и осталась сравнительно редкой.

Единственная сложность — возможная путаница с фамилией Балтакеев, где звук «а» во втором слоге не редуцируется. На слух они почти неразличимы, но в документах разницу могли вносить ошибки писарей. Если в семье есть старые записи, стоит проверить написание — оно могло меняться от переписи к переписи.