Фамилия Балтушкина — женская форма фамилии Балтушкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Балтушка. Основа здесь — глагол «болтать» (в старом произношении «балтать») в значении «качать, колебать, взбалтывать», а также «говорить без умолку, пустословить». Уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- (вместо более грубого -ун) указывает, что прозвище относилось к человеку скорее по его привычке, а не по профессии: Балтушкой могли назвать говорливого ребёнка, непоседу или того, кто постоянно «болтался» без дела.

Интересная особенность — сохранение корня «балт-» вместо привычного «болт-». В северных и северо-западных говорах (новгородских, псковских, вологодских) аканье и замена «о» на «а» в безударной позиции была нормой, поэтому «Балтушка» — это местный диалектный вариант общерусского «Болтушка». Фамилия Балтушкин, таким образом, не только указывает на характер предка, но и с высокой вероятностью закрепляет за его потомками северное или северо-западное происхождение рода.

Фамилия редкая. В отличие от массовых Болтуновых или Болтушкиных, вариант с «а» в корне встречается в основном в архивных записях по Архангельской и Вологодской губерниям. В XIX веке крестьяне с такой фамилией фиксировались в Шенкурском и Холмогорском уездах. Сословно это почти наверняка крестьянская среда — прозвища по бытовым чертам характера редко давали дворянам, которые чаще получали фамилии от вотчин или по именам родоначальников.

Морфологически фамилия образована по стандартной русской модели «прозвище на -а + патронимический суффикс -ин». Суффикс указывает на принадлежность: «сын Балтушки» или «внук Балтушки». Никакой связи с балтийскими языками или географическим названием Балтушкин здесь нет — это чисто славянская, разговорная фамилия, возникшая в живой крестьянской речи.