Фамилия Банденкова заставляет задуматься в первую очередь из-за своего нехарактерного корня. Если с суффиксом всё ясно — это типичная русская модель с -ов, где конечное -а указывает на женскую форму (Банденков → Банденкова), то основа «Банденк» вызывает вопросы. В русской ономастике фамилии на -енков чаще всего отталкиваются от имени или прозвища на -енко (украинская модель), которое затем обрусело и получило стандартный суффикс. Так, Банденкова — это, скорее всего, потомок человека по фамилии или прозвищу Банденко.

Корень «Банден» может быть связан с несколькими версиями. Первая и наиболее вероятная — от имени Богдан через его уменьшительную или диалектную форму. В южных и западных говорах «Богдан» нередко произносили как «Бандан» или «Бандян», а с добавлением суффикса -енко получалось Банденко. Вторая версия — от слова «банда» в значении «ватага, группа людей», но это менее убедительно, так как прозвище «Банда» встречается редко и чаще относится к разбойникам, что могло дать фамилию скорее с другим суффиксом. Третья, совсем редкая гипотеза — от географического названия, например, от местечка Банден в Польше (ныне Бендзин), откуда могли переселиться предки. Однако для русской фамилии это маловероятно.

Географически фамилия Банденкова встречается не повсеместно. Данные переписей и телефонных справочников показывают, что её носители сосредоточены в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — то есть в зоне исторического влияния украинского языка и переселенческих потоков. Это подтверждает версию о происхождении от украинской модели на -енко. Встречаются единичные случаи в Сибири, куда фамилия могла попасть в ходе переселений XIX века.

Сословная принадлежность предков Банденковых, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Фамилии на -енко в центральном Черноземье часто носили однодворцы (государственные крестьяне) или казаки. Ремесленная основа — если отталкиваться от прозвища — могла быть связана с «бандой» как группой людей, но это спекулятивно. Более надёжно считать, что предок носил имя Богдан в местном произношении, а фамилия закрепилась как обычная патронимическая.