Фамилия Банухин — редкая, с прозрачной, но неочевидной основой. Если отбросить фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Банухи), остаётся корень Банух-. Это усечённая или народная форма крестильного имени.

Скорее всего, в основе лежит каноническое имя Венедикт (от лат. benedictus — «благословенный»). В русском просторечии имя Венедикт сокращалось до Веня, Веденя, а также до Беня. Форма Банух могла возникнуть как диалектный вариант имени Ванюха (от Иван) или Бенюха (от Венедикт) с заменой начального звука. Вторая версия — основа от имени Ануфрий (народное Ануха), где начальный звук «Б» мог появиться под влиянием белорусских или украинских говоров: Бануха как «ба-Ануха».

География фамилии указывает на западные и южные регионы бывшей Российской империи. Наибольшая концентрация носителей — в Беларуси (особенно Витебская и Могилёвская области) и на Смоленщине. Это зона, где активно смешивались русские, белорусские и еврейские ономастические традиции. Суффикс -ин здесь типичен для русской модели, а основа — для местного просторечия.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Бануха, связанного с диалектным глаголом «банить» (мыть, парить в бане). В таком случае предок мог быть банщиком или содержателем бани. Однако для прозвища форма «Бануха» нехарактерна — обычно в таком значении использовалось слово «Банник».

Встречающееся в интернете объяснение фамилии через тюркское «бану» (госпожа) или ивритское «бану» (мы построили) — это народная этимология, не подтверждённая историческими документами. Ни тюркские, ни семитские корни не объясняют наличие фамильного суффикса -ин и географию фамилии.

Таким образом, Банухин — это типичная «полуименная» фамилия, образованная от обиходной формы крестильного имени. Предок носителя, скорее всего, звался Банухой, что было ласкательным или бытовым вариантом имени Венедикт, реже — Иван.