Фамилия Балухин образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. В основе лежит личное или прозвищное имя Балуха. Так могли называть человека непоседливого, шаловливого или склонного к проказам: в северных и центральных говорах «балуха» — это шалун, баловник. Слово родственно глаголу «баловать» и его диалектным формам, где корень «бал-» несёт значение игры, озорства, иногда — избалованности.

Интересно, что в некоторых регионах, особенно на Русском Севере и в Сибири, «балухой» называли не только человека, но и предмет — например, небольшой колокольчик или погремушку, которой «балуют», то есть забавляют ребёнка. В таком случае прозвище мог получить мастер, делавший такие игрушки, или же просто человек, любивший побрякушки и пустячные забавы. Эта версия менее очевидна, но имеет под собой почву в диалектной лексике.

Фамилия Балухин — не самая частая, но и не редкая. Она встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким именованием, что говорит о демократическом происхождении фамилии: она не была дворянской. Сословный состав носителей — преимущественно крестьяне и мещане, что типично для фамилий, образованных от прозвищ с яркой бытовой окраской.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Балуев, Балунов, Балутин — показывает, что все они восходят к одному гнезду слов с корнем «бал-». Но Балухин выделяется суффиксом -ух-, который в русской антропонимии встречается реже, чем -уй или -ун. Этот суффикс придаёт основе оттенок фамильярности или уменьшительности, что усиливает прозвищный характер фамилии: Балуха — это не просто «баловник», а скорее «баловник, которого знают и чуть-чуть по-свойски журят».