Фамилия Баркаган — редкая и с неочевидной этимологией, что сразу выделяет её среди типовых русских фамилий на -ов и -ин. В ней нет суффикса принадлежности, поэтому перед нами, скорее всего, не патроним (по отцу), а прозвище или профессиональное имя, которое закрепилось за родом без изменений. Основа «баркаган» звучит по-тюркски, и логичнее всего искать её корни в кочевом мире.

Наиболее убедительная версия связывает фамилию с тюркским «баркаган» — причастием от глагола «бармак» (идти, уходить). В диалектах это слово могло означать «ушедший», «скиталец» или «беглец». В ономастике известен принцип, когда прозвище давали человеку по его образу жизни или обстоятельствам появления: например, пришлому, откочевавшему из другого рода или пленнику, который осел на новом месте. Такой человек мог получить прозвище Баркаган, которое затем стало фамилией.

Менее популярная, но тоже возможная гипотеза — связь с тюркским словом «барка» (здание, крепость) или «барк» (прочный, крепкий). Однако суффикс «-ган» в этом случае давал бы значение «строитель» или «укреплённый», что встречается в фамилиях реже, чем прозвища по поведению. Тюркские языки богаты на подобные словообразовательные модели, но конкретный перенос на русскую почву без письменных источников остаётся гипотетическим.

Географически фамилия Баркаган встречается в южных регионах России — на Кубани, Ставрополье, в Ростовской области, а также в среде донских и терских казаков. Это не случайно: именно в этих местах веками шло смешение славянского и тюркского населения. Носители фамилии могли быть потомками казаков, которые переняли прозвище от местных народов, или выходцами из татарских, ногайских родов, перешедших на русскую службу. Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане. Единичные упоминания в метрических книгах XIX века не дают оснований говорить о дворянском происхождении.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «голых» основ без суффикса: Барабан, Булгак, Чаплыгин (от «чаплыга»). Редкость Баркагана делает её ценной для локальной истории — каждая ветвь этой фамилии, скорее всего, ведёт начало от одного конкретного человека с необычным прозвищем, что сужает круг поиска для генеалога.