Фамилия Барханоева — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не внешность, а, скорее всего, тюркское прозвище, связанное с религиозным или социальным статусом. Если отбросить окончание -а, указывающее на женскую форму, то мужской вариант — Барханоев. Анализ начинается не с корня, а с аффикса: суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких согласных) в русских фамилиях обычно означает принадлежность: «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Значит, предка звали Барханой или Бархан.

Корень «бархан» — слово тюркского происхождения, означающее «песчаный холм» или «дюну». В русском языке оно закрепилось как географический термин. Но напрямую называть человека «песчаным холмом» маловероятно. Скорее, перед нами искажённое или диалектное произношение арабского «барха́н» (برهان) — «доказательство», «довод», а в религиозном контексте — «аргумент веры», одно из имён Аллаха или эпитет. В мусульманских культурах имя Бурхан (вариант — Бархан) было распространено: Бурхан ад-Дин («доказательство веры») — известное теофорное имя. В Поволжье и на Кавказе, где тюркские языки смешивались с арабской лексикой, имя могло упроститься до Бархан.

Таким образом, Барханоев — это «сын Бархана», то есть потомок человека, которого звали Бурхан или Бархан. Фамилия явно несёт следы исламской традиции именования, что указывает на предков из числа татар, башкир, кумыков или народов Северного Кавказа. Встречаемость фамилии крайне низкая; она фиксируется в основном в Чечне и Ингушетии, где суффикс -ев характерен для фамилий, образованных от арабских и тюркских имён (сравните: Алханов, Дудаев). Версия о происхождении от прозвища по месту жительства («живущий у бархана») менее правдоподобна: для таких фамилий типичны суффиксы -ский или -ов без дополнительного элемента.

Фамилия не имеет отношения к русскому слову «бархат» — это случайное звуковое совпадение. В старых документах могли писать «Барханов», но современная форма Барханоев сохранила первоначальный тюркский вокализм. Сословно фамилия не маркирована: носители могли быть как крестьянами, так и узденями (свободными горцами) — точных данных нет из-за редкости фамилии.