Фамилия Барохоев — одна из тех, что сразу выдают регион происхождения. Её носители почти наверняка связаны с Восточной Сибирью, а точнее — с бурятскими и монгольскими корнями. Основа фамилии — личное имя Барохой, которое в бурятском языке восходит к слову «бара» — «сила», «мощь», или к «баатар» — «богатырь», «герой». Суффикс -ев здесь типичен для русификации: когда в XIX–XX веках бурятские родовые и личные имена записывали в русских документах, к ним добавляли стандартные русские патронимические окончания. Так Барохой стал Барохоевым.

Модель образования простая и показательная. В отличие от славянских фамилий, где суффикс -ев обычно присоединяли к основе, оканчивающейся на согласный или -й (Иван → Иванов, Сергей → Сергеев), здесь мы видим адаптацию нерусского имени. Исходное Барохой (с конечным -й) при записи получило приращение -ев, что и дало форму Барохоев. Это типичный пример ассимиляции бурятских антропонимов в русскую фамильную систему, описанный в работах по ономастике Сибири.

Географически фамилия плотно привязана к Иркутской области, Забайкалью и Бурятии. Встречается она нечасто — это не массовая фамилия, а скорее родовая, сохранившаяся в определённых улусах и сёлах. По сословному происхождению предки Барохоевых, скорее всего, были бурятскими казаками или крестьянами-скотоводами. Бурятские казаки в Забайкалье составляли отдельное сословие, и многие фамилии закрепились именно в этой среде.

Есть и менее очевидная версия, которую иногда выдвигают: связь с монгольским «бараах» — «тёмный», «мрачный». Но она слабее, так как в личных именах бурят и монголов значение «сила» или «герой» встречается гораздо чаще, чем негативные характеристики. К тому же имя Барохой фиксируется в старых метрических книгах именно в положительном контексте.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Баторов, Батоев, Бараев — подтверждает общую модель: все они образованы от бурятских имён с корнем «баатар» или «бара» и русифицированы через суффиксы -ов/-ев. Так что Барохоев — это не случайное искажение, а закономерный результат столкновения двух языковых систем на границе Российской империи.