Фамилия Баронэ — редкий случай, когда написание и произношение почти не оставляют сомнений в происхождении. Основа здесь — «барон», дворянский титул, который в Западной Европе означал низшую ступень феодальной иерархии, а в России при Петре I стал жалованным званием. Однако фамилия образована не напрямую от титула, а через его иноязычную форму — скорее всего, от французского или итальянского baronné, где ударение падает на последний слог, а конечное «э» передаёт звучание, нехарактерное для славянских языков. Это указывает на то, что предок носителя фамилии мог быть либо выходцем из романоязычных стран (Франция, Италия, отчасти Румыния), либо потомком обрусевшего иностранца, получившего прозвище «Барон» или «Баронэ» за манеры, богатство или службу.

Суффикс -э (встречающийся в русских фамилиях крайне редко, в отличие от -ов или -ин) — верный признак недавнего заимствования. В XIX веке в дворянской и купеческой среде было модно русифицировать иностранные фамилии, но иногда их оставляли в исходном виде. Фамилия Баронэ могла закрепиться за семьёй, где предок носил титул барона, но не имел права передавать его по наследству — тогда прозвище становилось фамильным. Альтернативная, менее вероятная версия: в некоторых говорах «баронэ» могло быть искажением слова «баранина» или «баран», но это противоречит чёткой титульной основе и европейскому окончанию.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Польше, Прибалтике, Беларуси, где немецкое или французское дворянство оседало чаще. Встречается она и у потомков остзейских баронов, которые после революции теряли приставку «фон» и меняли написание, чтобы скрыть происхождение. Сословно носители фамилии могли быть как потомственными дворянами, так и выходцами из мещан или купцов, получившими прозвище за внешний лоск — в русских деревнях «бароном» могли иронично называть заезжего щёголя.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Баронов, Баронский, Бароничев — показывает, что Баронэ стоит особняком. Если «Баронов» — типичная русская патронимическая форма («сын барона»), то Баронэ — почти калька с оригинала, без добавления славянских суффиксов. Это делает фамилию своеобразным маркером: её носитель, скорее всего, имеет прямую или косвенную связь с европейским дворянством, либо его предки сознательно сохраняли «нерусское» звучание как знак отличия.