Фамилия Башкинов образована от прозвища Башка. Слово «башка» заимствовано из татарского языка, где baş означает «голова», а также «ум, разум» и «начальник, глава, вожак». Прозвище могло указывать на человека с большим размером головы — или, что вероятнее, на обладателя острого ума, толкового и смышлёного. В переносном смысле Башкой называли и руководителя, чиновника, занимающего высокий пост.

Однако у фамилии есть и географическая привязка. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаются крестьяне Башкины: Семен и Алексей Ивашковы, 1519 год, Переяславль. Там же, в бассейне реки Киржач, находилась деревня Башкина. В таком случае прозвище могло перейти на человека по месту его прежнего жительства — выходца из этой деревни.

Суффикс -ов в фамилии Башкинов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или названий: он отвечает на вопрос «чей?» и означает принадлежность потомку человека по прозвищу Башка. Это одна из самых распространённых моделей в центральной России, что согласуется с ранним упоминанием Башкиных именно в Переяславском уезде.

Таким образом, у фамилии Башкинов два равновероятных объяснения: либо предок славился умом и сообразительностью, либо его родословная тянется из старинной деревни Башкина под Переславлем-Залесским.