Фамилия Баткилин — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит не славянское прозвище, а еврейское имя или даже два имени сразу. Это ставит её особняком среди типичных русских фамилий на -ин, образованных от профессий или мирских имён.

Самый прямой путь образования — от мужского имени Баткила. Это, в свою очередь, диалектный или бытовой вариант библейского имени Бэцальэль (Бецалель). В переводе с иврита оно означает «в тени Бога» — образ божественной защиты и покровительства. Если так, то предок носителя фамилии был человеком, которого назвали в честь известного библейского мастера, строителя Скинии, что могло указывать на его ремесло или глубокую религиозность семьи.

Есть и более сложная версия, которая разбирает фамилию на две части. Первая часть, «бат», с иврита переводится как «дочь». Вторая часть может восходить к женскому имени Цила (в ашкеназском произношении — Киля). То же имя, что и Бэцальэль, означает «находящаяся в тени Бога». В этом случае фамилия Баткилин буквально означает «дочь Цилы» или «потомок (сын) той, кого звали Цила». Такая модель (имя матери + суффикс -ин) типична для еврейских фамилий-матронимов, которые давали детям, если мать была известной или уважаемой в общине.

Менее вероятна, но всё же возможна топонимическая примесь: вторая часть могла быть переосмыслена под влиянием немецкого города Киль. Если предки жили в этом портовом городе или вели оттуда род, прозвище «Баткилин» могло означать «дочь из Киля». Однако эта версия кажется натянутой, так как топонимы обычно дают фамилии с суффиксом -ский (-ской), а не -ин.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были распространены еврейские общины, говорившие на идише, — черта оседлости Российской империи, а также территории современной Украины, Беларуси и Молдовы. Суффикс -ин в этом случае — типичный русский патронимический суффикс, который «пришили» к основе при адаптации фамилии в документах. Никаких известных носителей с громкой исторической славой под этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её бытовое, корневое происхождение: фамилия простого человека, чей предок носил имя, означающее «под сенью Бога».