Фамилия Бакилин — редкий случай, когда в основе лежит не очевидное имя или занятие, а прозвище с двумя разными культурными корнями. Чаще всего её объясняют через диалектное слово «бахилы»: так в некоторых областях называли высокие рыбацкие сапоги из непромокаемой кожи. Прозвище Бакила мог получить либо мастер, который шил такую обувь, либо сам рыбак, который в ней ходил. Версия логичная, потому что фамилии от названий обуви встречаются, но нечасто, и «бахилы» — слово живое, особенно в северных и волжских говорах.

Но есть и другая гипотеза. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бакилин — «сын Бакилы». А само имя Бакила могло прийти из тюркской среды. В арабском есть имя Бакхил, которое толкуют как «красивый, прелестный»; в татарском близкое имя Бакхил связывают с образом «могущественного клинка» — такое имя давали мальчикам с пожеланием быть острым для врагов. Чередование к/х в корне (Бакхил → Бакил) — обычное дело при переходе имени в русскую речь, когда непривычный звук заменяли на более близкий.

По суффиксу видно, что фамилия сложилась не в дворянской среде, а в крестьянской или посадской. -Ин — типичный патронимический суффикс центральной и северной России, в отличие от -ов/-ев, которые преобладали на юге и востоке. Значит, предки Бакилиных жили скорее в полосе от Твери до Вологды или в Поволжье, где и рыбацкие бахилы, и тюркские заимствования были в ходу.

Какая из версий правдоподобнее? Для фамилии Бакилин обе рабочие, но первая — прозвище от «бахил» — надёжнее, потому что не требует допущения о заимствовании. Тюркская версия возможна, но тогда фамилия должна была бы чаще встречаться в татароязычных регионах, а этого не видно. В любом случае, фамилия Бакилин — не простая, с двумя слоями, и без генеалогического поиска по конкретной семье сказать, какой из них сработал, нельзя.