Фамилия Бакилев — одна из тех, что сразу указывает на прозвище предка. В её основе лежит слово «бакла» или «бакила», которое в русских говорах имело несколько значений. Чаще всего так называли человека с большими глазами навыкате или с выпуклыми, «бакластыми» глазами. В словаре Даля «бакила» — это именно «глаза, бельма; выпуклые, пучеглазые». Прозвище могло быть чисто внешним, без обидного оттенка — просто отличительная черта.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «бакилить» — говорить вздор, пустословить. Тогда Бакилев — потомок болтуна или балагура. В ономастике такие случаи встречаются: прозвище по манере речи давали не реже, чем по внешности.

Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: Бакилев — «чей?» — сын Бакилы. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская — такие прозвища редко закреплялись за высшими сословиями.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в старых переписях Вологодской и Костромской губерний, где диалектное слово «бакила» было в ходу. В современных справочниках Бакилев — фамилия нечастотная, но устойчивая, без видимых вариантов написания.

Стоит заметить, что фамилию не стоит путать с однокоренной Бакиров — та имеет тюркские корни и восходит к имени Бакир («медный»). Бакилев — чисто русское образование, без восточного следа.