Фамилия Бакилева — женская форма фамилии Бакилев. Её основа, скорее всего, связана с личным именем или прозвищем Бакила. В этом случае мы имеем дело с типичной русской моделью образования: суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих согласных) указывает на принадлежность «сын Бакилы» или «из рода Бакилы».

Само имя Бакила — редкое, но не уникальное. Его происхождение спорно. Наиболее вероятная версия — это народная, разговорная форма церковного имени Вакула (от греческого «вакуле» — «молчаливый»). В русских говорах имя Вакула трансформировалось в Бакулу, а затем, через чередование согласных, могло дать Бакилу. В пользу этой версии говорит то, что в документах XVII–XVIII веков встречаются формы Бакула и Бакила как варианты одного имени. Менее убедительна, но возможна связь с диалектным глаголом «бакилить» — говорить пустое, болтать, или с тюркским корнем «бак» — смотреть (как прозвище зоркого или наблюдательного человека).

С точки зрения сословной принадлежности, Бакилевы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ев, образованные от полных форм имени, часто встречались в среде духовенства, но здесь исходная форма — уменьшительная или просторечная, что характерно для низших слоёв. Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Поволжью, где имя Вакула было особенно популярно.

В написании фамилии есть особенность: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Баки́лева. Это отличает её от омонимичных фамилий с основой «бакил» (от «бакилея» — закром для зерна), которые встречаются реже и имеют ударение на первом слоге.