Фамилия Бакилин образована от прозвища Бакила, которое, вероятно, происходит от нарицательного «бахилы», что означает «рыбачьи высокие прочные сапоги». Согласно этому, можно предположить, что прозвище Бакила получил человек, изготовлявший бахилы или рыбак, носивший бахилы. Согласно другой версии, фамилия Бакилин имеет тюркские корни и восходит к восточному имени Бакхил, которое в переводе с арабского предположительно означает «красивый, прелестный». Кроме того, имя Бакхил в переводе с татарского может означать «могущественный клинок». Это имя давалось мальчику с пожеланием, чтобы он противостоял врагам, как острый клинок. Чередование согласных к/х стало результатом исторических процессов, происходивших в ходе развития языка. Так и прозвище Бакила закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Бакилин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бакила, со временем получил фамилию Бакилин.