Фамилия Батняя — редкая и неочевидная для этимологии. Чтобы понять её происхождение, нужно начать не с корня, а с суффикса. Окончание -яя в русских фамилиях — почти всегда признак адъективной (прилагательной) модели. Чаще всего такие фамилии отвечают на вопрос «чей?» или «какой?» и образованы от прозвища или имени в форме прилагательного: Батняя — «относящийся к Бате» или «принадлежащий Бате». Это не типичная патронимическая модель на -ов/-ин, а более редкая, свойственная, например, южнорусским и украинским говорам, где фиксировались фамилии вроде Шевченко, но и прилагательные тоже встречаются.

Основа «Бат-» указывает на корень, который в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное — от слова «батя» (отец, батюшка). В таком случае Батняя — это фамилия, данная сыну или потомку человека по прозвищу Батя. Прозвище мог получить либо священник (батюшка), либо просто уважаемый глава семьи, либо, наоборот, человек, который часто употреблял это слово в речи. Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «бат» (удобный, хороший) или с глаголом «батать» (стучать, бить) — тогда прозвище могло относиться к ремесленнику, например, кузнецу или плотнику.

Словообразовательная модель фамилии нехарактерна для северных и центральных регионов России. Батняя могла закрепиться на юге, в казачьих областях или в Беларуси, где адъективные фамилии с окончанием -яя (Долгая, Кривая, Рыжая) встречаются чаще. В некоторых случаях фамилия могла быть записана как Батний (мужской вариант), но в речи и документах закрепилась форма женского рода, что иногда случалось при переписи населения — главу семьи записывали через прозвище матери или жены.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Батяев, Батюков, Батенин — показывает, что Батняя стоит особняком: у неё нет суффикса, приращивающего «чейность», она сама по себе прилагательное. Это может указывать на более позднее или локальное происхождение, когда фамилия ещё не успела пройти стандартную унификацию на -ов.

По сословной принадлежности ничего определённого сказать нельзя — фамилия встречается у крестьян, мещан и казаков. Известных носителей с громкой историей нет, что делает её типичной «говорящей» фамилией, где главное — не генеалогия знаменитостей, а живой отпечаток речи и быта.