Фамилия Батняева — женская форма, а её мужской вариант Батняев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Батняй. Слово «батня» в русских говорах означало «батог», то есть палка, посох, а иногда — «дубина». В переносном смысле Батняем могли прозвать человека высокого и худого (как жердь) или, наоборот, грубого, неуклюжего. Но есть и другая версия: в некоторых диалектах «батня» — это «батя», отец, так что прозвище могло закрепиться за сыном, которого называли в честь отца — уменьшительно-ласкательно.

Суффикс -ев указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ на мягкий согласный или -й. Форма Батняев (а не Батнин) говорит о том, что исходное прозвище звучало именно как Батняй, а не Батня. Это не самая частотная модель, что делает фамилию заметной на фоне более распространённых Батневых или Батниных.

Географически фамилия Батняева встречается в Поволжье и на Урале, особенно в Оренбургской области и Башкортостане. Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии могли быть из крестьян или казаков, переселявшихся на восточные земли в XVIII–XIX веках. Прозвище Батняй, скорее всего, дали в быту, и оно закрепилось как фамильное имя потомков.

Если сравнивать с однокоренными, то есть фамилия Батогов — от того же «батог», но с другим суффиксом. Батняев стоит особняком: в ней сохранилась редкая диалектная форма, которая не перешла в стандартное «батог». Это делает фамилию ценной для лингвистов — она фиксирует местное слово, почти вышедшее из употребления.