Фамилия Ботняева — женская форма от Ботняев, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем, а не с крестильным именем. Основа «ботн-» редка и неочевидна, что делает разбор особенно интересным.

Первая и наиболее правдоподобная версия отсылает к диалектному слову «ботня» — так в некоторых говорах (особенно северных и сибирских) называли небольшую лодку-долблёнку, выдолбленную из цельного ствола дерева. В таком случае Ботняем могли прозвать лодочника, перевозчика или того, кто сам делал такие лодки. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: «сын Ботняя» или «из семьи Ботняя». Фамилии от названий лодок встречаются, но редко, что придаёт Ботняеву локальный колорит — носители могли происходить из региона с развитым речным промыслом (Поморье, Урал, Сибирь).

Вторая версия, менее распространённая, связывает прозвище с глаголом «ботать» — стучать, бить, грести веслом, а также пугать рыбу бо́талом (шестом с наконечником). «Ботня» могло означать и сам процесс ботанья, и человека, который этим занимался — рыбака, использующего ботало. Здесь значение смыкается с первой версией, но акцент смещается с предмета на действие.

Третья, совсем экзотическая гипотеза — от тюркского или финно-угорского корня, но она не подкреплена ареалами распространения фамилии. В документах фамилия Ботняев встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что подтверждает русскую диалектную основу.

Словообразовательная модель проста: прозвище Ботня → суффикс -ев (форма родительного падежа, застывшая в фамилии). Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Бо́тняев. Если бы основа была от имени Ботня в значении «увалень» или «толстяк» (от «бо́тва»), форма была бы Ботвин или Ботнев, но здесь именно «ботня», и это ключевое отличие.

Таким образом, предки носителя фамилии Ботняев, вероятнее всего, были связаны с водой: перевозили людей на лодке, рыбачили с боталом или строили долблёные лодки. Фамилия редкая, но её происхождение прозрачно и уходит корнями в быт северного или волжского крестьянства.