Фамилия Ботня — редкий пример, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы -ов, -ин или -ский. В ней нет патронимического окончания (чей? — Ботнин), поэтому она относится к так называемым «нестандартным» фамилиям, которые в русской традиции чаще встречаются на Украине и в Беларуси, чем в Великороссии. Сама основа — «ботня» — в русских говорах имела два основных значения.

Первое и самое вероятное: прозвище Ботня давали человеку, который много и бестолково говорит, болтает попусту. В словарях русских народных говоров «ботня» — это пустая болтовня, вздор. Человек мог получить такую кличку за привычку молоть языком, пересказывать слухи или просто быть не в меру говорливым. Второе значение — ремесленное: в некоторых областях «ботнёй» называли долото или стамеску для выдалбливания пазов, а также саму работу по долблению. Соответственно, прозвище могло закрепиться за плотником или бондарем, который специализировался на такой работе.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам России, а также к Беларуси. Встречается она редко, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не «календарное» происхождение: от имени Богдан или Борис фамилии образовывались с суффиксом (Богданов, Ботнев), а Ботня — это именно кличка, которая закрепилась за одним родом.

Интересно, что в белорусском языке «ботня» означает ещё и «мешок», «кулёк» — возможно, прозвище торговца или человека, носившего что-то в мешке. Но для русской фамилии первична именно связь с болтовнёй или плотницким инструментом. Сословной принадлежности у фамилии нет: Ботнями могли быть и крестьяне, и посадские люди. В документах XVII–XVIII веков эта фамилия не зафиксирована в боярских списках или родословных книгах, что говорит о её простонародном корне.