Фамилия Ботея — редкая и неочевидная по происхождению. Её форма сразу настораживает: окончание -я нехарактерно для русских фамилий в именительном падеже. Скорее всего, перед нами не русифицированная, а западная или южнославянская фамилия, записанная в исходном виде.

Если смотреть на словообразовательную модель, то в русском языке фамилии на -ея обычно либо заимствованы (например, из румынского или болгарского), либо являются результатом украинской или белорусской транскрипции. Основа «Бот-» может восходить к нескольким корням. Первый и самый вероятный — прозвище Ботя, которое в русских говорах давали медлительному, неповоротливому человеку (от глагола «ботать» — стучать, бить, но также и «болтать ногами», «мешкать»). Второй вариант — от имени Бот, сокращённой формы от Богдан или Борис, что типично для западнорусских земель. Третий, менее распространённый, — связь с ремеслом: в некоторых диалектах «бот» — это небольшая лодка, так что Ботеем могли прозвать лодочника или рыбака.

Географически фамилия Ботея встречается преимущественно в Молдове и на западе Украины, реже — в южных областях России. Это указывает на то, что носители фамилии, скорее всего, происходят из зоны контакта восточнороманских и славянских языков. В молдавском языке слово «bot» означает «морда», «рыло» — такое прозвище могли дать человеку с крупными чертами лица, что тоже является правдоподобной версией.

Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не дворянская, не купеческая, и в дореволюционных списках она почти не фигурирует. Скорее всего, её носили крестьяне или мещане, а в письменных источниках она закрепилась поздно — уже в XIX–XX веках, когда фамилии начали фиксировать у всех слоёв населения.