Фамилия Ботнев образована от прозвища Ботень. По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «бот» - «одномачтовое, обычно плоскодонное судно, речное или приморское, для перевозки груза». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть судостроителем или моряком. Возможно также, что основой для прозвища послужило слово «боты» - «боты» - «высокие калоши», «ботинки». В таком случае Ботенем могли именовать сапожника. Согласно еще одной версии, прозвище Ботень происходит от существительного «ботало» - «шест с дощечкою или с деревянным стаканом на конце для того, чтобы загонять рыбу со дна в сети», «деревянный звонок, или род глухого колокольчика из железного или медного листа, который висел на шее всякого скота». Соответственно, прозвище Ботень либо носил рыбак, либо скотовод, либо пастух. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ботень, со временем получил фамилию Ботнев.