Фамилия Ботнарев — редкий случай, где географический акцент важнее морфологического разбора. Если сразу посмотреть на суффикс -ев, он указывает на русскую модель образования от отчества или прозвища: «чей?» — Ботнарев, то есть сын или потомок Ботнаря. Но сама основа «Ботнарь» в русском языке не встречается — это калька с молдавского (румынского) слова «botnar», что значит «бондарь», то есть мастер по изготовлению бочек. В Молдавии и на юго-западе Украины фамилия Ботнарь (или Ботнару) очень распространена, а её носители — потомки ремесленников. Однако в русском контексте фамилия Ботнарев почти наверняка «переоформлена»: предок, носивший молдавскую фамилию Ботнарь, попал в русскоязычную среду, и его дети записались уже с русским суффиксом -ев, как того требовала местная администрация.

Корень фамилии — «ботна» — не имеет славянской этимологии. В молдавском языке «botnă» означает «бочка», и слово восходит к латинскому buttis (бочка) через посредство славянских языков (ср. украинское «ботня»). Таким образом, Ботнарев — это не просто «сын бондаря», а носитель профессии, которая в Молдавии была очень уважаемой: бочки использовали для хранения вина, зерна, солений. В России же фамилия встречается крайне редко, в основном на юге (Краснодарский край, Ростовская область) и в местах переселения молдаван в XIX веке, например, в Бессарабской губернии.

Если сравнивать с однокоренными русскими фамилиями, то Ботнарев стоит в одном ряду с Бондаревым, Бочаровым, Кадашевым (от «кадаш» — бондарь по-турецки). Но отличие в том, что Ботнарев — не результат прямого русского словообразования, а следствие этнического контакта: молдавский ремесленник дал фамилию, которую русифицировали через суффикс. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» этот тип не рассматривается отдельно, но модель «молдавская основа + русский суффикс» известна по фамилиям типа Кожокарев (от молд. «кожокарь» — скорняк). Споров о происхождении здесь почти нет: версия с бондарем — единственная правдоподобная, а попытки вывести «Ботнарев» от славянского «бот» (палка, дубина) или от имени Бот (гипотетическое) лишены основы — таких прозвищ в древнерусских источниках не зафиксировано.

Социальный контекст фамилии ясен: предки были ремесленниками, скорее всего, крестьянами или мещанами, работавшими с деревом. Дворянских родов с такой фамилией нет. В современной России Ботнаревых — единицы, и большинство из них, вероятно, даже не подозревают, что их фамилия — «перевод» на русский язык молдавской профессии.