Фамилия Ботнари образована от прозвища Ботнар. Скорее всего, оно восходит к слову «ботня» - «небольшое судно с набойными бортами». Видимо, основатель рода Ботнари был кораблестроителем или моряком. Возможно также, оно образовано от существительного «боты» - «высокие калоши», «ботинки». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Ботнари был сапожником. Согласно еще одной версии, прозвище Ботнар может быть связано с нарицательным «бот». В Сибири ботом зовется грубая лодка-долбушка (однодеревка), то есть выдолбленная из ствола дерева лодка. Поэтому прозвище Ботнар мог получить рыбак, пользующийся ботом, или тот, кто изготовлял лодки. Не исключено, что прозвище Ботнар могло произойти от глагола «ботать». В тамбовских говорах это слово означает «качать, болтать, колебать», а в новгородских – «топать». Поэтому возможно, что Ботнаром называли мастера, который долбил что-либо (например, дерево в процессе работы). Таким образом, человек, предка которого звали Ботнар, со временем получил фамилию Ботнари.