Фамилия Ботнари — редкий случай, когда географический акцент в написании слышен сразу. Обычно такие фамилии заканчиваются на -ов или -ин, но здесь мы видим типично молдавский и румынский суффикс -ari (или -арь в русской передаче). Он указывает на профессию: в румынском языке суффикс -ar образует названия ремесленников (например, лэптар — молочник, ковалар — кузнец). Соответственно, botnar — это «лодочник» или «бочар», человек, который делает бочки (от botă — бочка, кадка). Так что первая и главная версия — предок носителя фамилии был бондарем, мастером по деревянным бочкам.

Однако в русском контексте, куда фамилия могла попасть через переселенцев из Бессарабии, слово «ботня» означало небольшое судно с набойными бортами. Отсюда версия о кораблестроителе или рыбаке, который пользовался такой лодкой. В сибирских говорах «бот» — грубая лодка-долбушка, выдолбленная из цельного ствола. И здесь мы видим пересечение с молдавским значением: и там, и там — работа с деревом и лодками.

Есть и бытовая версия — от слова «боты» (высокие калоши или ботинки). Тогда Ботнар мог быть сапожником. Но она слабее: суффикс -ari в румынском языке почти всегда привязан к крупным ремеслам (бочки, лодки), а не к обуви. К тому же в русских говорах слово «боты» закрепилось поздно, в XIX веке, а фамилии такого типа обычно старше.

Глагол «ботать» тоже добавляет красок: в тамбовских говорах — качать, болтать; в новгородских — топать. Но это скорее народная этимология: прозвище от глагола без опоры на конкретное занятие встречается реже, чем от названия ремесла.

Итог: фамилия Ботнари — профессиональная, молдавско-румынского происхождения. Её основатель с высокой вероятностью делал бочки или лодки. В русской среде значение могло сместиться в сторону лодочного промысла, но суть осталась та же — мастер по дереву.