Фамилия Ботнаренко — яркий пример украинской модели образования фамилий с помощью суффикса -енко, который в XVI–XVII веках был распространён в Поднепровье и означал «сын» или «потомок»: Ботнаренко — это «сын Ботнаря». Основа фамилии — прозвище Ботнарь, которое, в свою очередь, связано с несколькими значениями, и здесь нет единственной бесспорной версии.

Самая вероятная версия отсылает к слову «ботня» — небольшое судно с набойными бортами. В этом случае Ботнарь — прозвище кораблестроителя или моряка, человека, связанного с постройкой или управлением лодок. В Сибири ботом называли грубую долблёную лодку-однодеревку, так что прозвище могло закрепиться за рыбаком или мастером, делавшим такие лодки. Есть и бытовая версия: от «боты» — высокие калоши или ботинки, тогда Ботнарь мог быть сапожником.

Наконец, в тамбовских говорах «ботать» означало «качать, болтать, колебать», а в новгородских — «топать». Поэтому не исключено, что прозвище получил мастер, который долбил дерево или выполнял работу, связанную с ритмичными ударами. Какая из этих версий верна для конкретного рода — сказать сложно, но в любом случае прозвище Ботнарь описывало занятие или ремесло, а фамилия Ботнаренко закрепила его за потомками.

Фамилия распространена на юге Украины и в Молдавии, где суффикс -енко встречается особенно часто. В русских документах фамилия могла писаться без изменений или русифицироваться в Ботнаренков — такая форма встречается в переписях XIX века.